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研究人员意外从斑鬣狗化石中发现新的老虎支系“大安虎”

时间:2023-08-08来源:网络作者:小白

胡家铭展示斑鬣狗化石。长江日报记者何晓刚 摄


胡家铭展示斑鬣狗化石。长江日报记者何晓刚 摄


吉林通化大安溶洞古虎化石


吉林通化大安溶洞古虎化石


(神秘的地球uux.cn报道)据长江日报(记者 汪洋 通讯员 陈华文):在距今4.35万年以前的中国东北,当时的森林之王除了东北虎的祖先,还有不为人所知的另一遗传支系——大安虎。在漫长的生物演化过程中,大安虎数量逐渐减少,以至彻底灭绝。


近日,中国地质大学(武汉)生物地质与环境地质国家重点实验室研究人员意外从斑鬣狗化石中发现了“大安虎”这一新的老虎支系,这也是第一次在遗传学上定义这一支系。


大安虎是如何发现的?是什么导致了大安虎的最终灭绝?目前的科研手段能复原出大安虎的外形吗?近日,长江日报记者探访中国地质大学(武汉)生物地质与环境地质国家重点实验室。研究人员揭密了有关大安虎的神秘面纱。


研究斑鬣狗化石,意外发现大安虎


胡家铭是中国地质大学(武汉)古DNA组赖旭龙教授指导的博士生,近几年在导师的指导下从事斑鬣狗的研究。他告诉记者,在远古时期,斑鬣狗曾广泛分布于亚欧大陆和非洲,到了距今约两万年左右,亚欧大陆上的斑鬣狗彻底灭绝了,而非洲的斑鬣狗一直延续至今。


中国地质大学(武汉)盛桂莲教授申报了国家自然科学基金项目,通过古基因组解析研究中国更新世斑鬣狗属动物的演化历史,胡家铭是该项目研究人员。


2003年,吉林大学考古团队在吉林省通化市大安镇的一处溶洞中发掘出大量古生物化石,包括牛、羊、马、兔等,也有一些斑鬣狗化石,这些化石形成于不同的历史时期。


依托于盛桂莲教授的国家自然科学基金项目,中国地质大学(武汉)古DNA研究团队与吉林大学一直保持着良好的合作关系。2019年,古DNA研究团队的部分成员前往吉林大学,用专业的切割工具切取了一块残缺的下颌骨末端一小块骨骼化石样本,大约2克左右,带回武汉进行研究。


“切取了这一小块样本,我们当时把它归类于斑鬣狗样本之一。” 胡家铭说,回来以后,他们对化石中残存的DNA进行提取分析,将DNA序列与斑鬣狗DNA序列进行比对,发现两者之间匹配度较低,“这肯定不是斑鬣狗”。进一步比对发现,这块下颌骨的DNA序列与老虎的DNA序列匹配度最高。


“不过,其DNA序列又与现生的几种老虎不完全相同,属于此前从未发现过的新的遗传支系。” 胡家铭说,这是一次意外的发现,因为这块下颌骨化石是在大安镇出土的,所以研究人员给它命名为“大安虎”。


并不是所有的化石里都包含古DNA


按键输入密码,“嘀”的一声,中国地质大学(武汉)生物地质与环境地质国家重点实验室古DNA洁净室第一道门开启。进入实验室过渡区,在胡家铭的示范下,记者换上实验室拖鞋,穿上连体的实验防护服,戴上口罩、PE手套,从头到脚“全副武装”。


确认记者穿戴符合实验室防污染规范后,胡家铭打开第二道门,带记者依次进入提取室和建库室,“古生物化石的DNA提取和建库就是在这里进行的。” 胡家铭说。


从吉林大学带回的那2克下颌骨化石样本,研究人员小心翼翼地从中分离出约200毫克的微量样本进行实验。先碾磨成粉,用试剂清洗,去除前期埋藏及发掘过程中附着的细菌及人类DNA,把这些潜在外源污染降解之后,再加入一些化学试剂,让粉末内部的DNA释放出来。这样,提取出来的就主要是来自样品本身的内源DNA了。


研究人员将提取出来的DNA进行建库,再把它放到测序仪上,反馈出这些DNA的序列信息。


“经历漫长的时光侵蚀,古生物的DNA支离破碎,结构不再完整,就如同一大块残破不全的画布一样。”该项目负责人盛桂莲教授介绍,古DNA的提取就是把这些碎片化的基因片段找出来,建库之后,再借助能识别它们的化学试剂,测出这些DNA的序列。


“并不是所有的化石里都包含着古DNA。”盛桂莲教授介绍,DNA分子降解需要时间,目前最古老的、可信的古DNA来自165万年前冻土中保存的猛犸象。也并非时间短一些的化石里就一定能保留下古DNA,如果是酸性土壤、高温、潮湿的环境,DNA分子的降解速度就会大大加快。


研究人员将这块下颌骨的DNA序列与斑鬣狗的DNA序列进行比对,发现它们的匹配度较低,在进化树上,它们属于两个不同的分支。进一步比对发现,这块下颌骨的DNA序列与老虎的DNA序列匹配度最高,但又不同于任何现生的老虎,属于此前未知的遗传支系。


把大安虎完全“画”出来还需要更多样本


从演化树的亲缘关系看,大安虎和东北虎只能算是26万年前的“远房亲戚”。盛桂莲教授介绍,大安虎所代表的遗传支系与现生老虎的祖先,在约26万年前已分道扬镳。现生老虎的祖先在各地辐射分化,形成不同的地理亚种,如东北虎、苏门答腊虎、孟加拉虎(印度虎)、爪哇虎等,而大安虎代表的遗传支系却走上了灭绝之路。


通过碳-14测年,大安虎生存的时期大概是在4.35万年至10万年之间。这一时期属于地球第四纪冰期的末期,亚欧大陆气温较低,尤其是我国的东北地区,气温要比现在低一些。


“那个时期的人类活动还非常少,不大可能对大安虎的生存产生很大影响,大安虎最终灭绝,很可能是受气候变化的影响。” 盛桂莲分析,随着气温降低,一些植物适应不了环境的变化而死亡,导致以此为食的食草动物大量减少,进而使得处于食物链顶端的大安虎走向灭绝。


大安虎的外形能复原出来吗?胡家铭博士告诉记者,如果能找到这只老虎的完整骨架,就基本能复原它的外形了。根据骨骼学来复原古生物的外形是最科学可靠的办法。


“目前大安虎的骨骼还只有一小块,仅凭借这一小块下颌骨还不能复原出它的体型和外观。”胡家铭说,分子生物学研究使得灭绝的老虎支系重见天日,但若要更深入地解析大安虎,搞清楚大安虎与现生老虎是否存在基因交流,还需要找到更多的样本,通过研究掌握更多的基因数据,一层层揭开大安虎的神秘面纱。


这支古DNA团队曾测定首例古代大熊猫全基因组


26万年前的远古时期,地球上的老虎演化出包括大安虎在内的多个谱系,如今,地球上的老虎只剩下一个谱系了;2万年以前,斑鬣狗在亚欧大陆和非洲大陆上纵横驰骋,后来,亚欧大陆的斑鬣狗彻底灭绝;象科动物中的猛犸象,猫科里的剑齿虎,也在漫长的生物演化中消失殆尽……


“如果不做古基因组的研究和解析,就不会知道动物演化过程中的这些秘密,更无法揭示出第四纪晚期大型哺乳动物绝灭背后的原因。”盛桂莲教授说。


根据同样的研究方法,中国地质大学(武汉)古DNA研究团队于2019年测定了首例古代大熊猫全基因组,发现了一个与现生大熊猫不同、现已灭绝的大熊猫遗传谱系。


盛桂莲介绍,现生大熊猫有三个不同地理种群,分别是秦岭种群、岷山种群、邛崃-大相岭-小相岭-凉山种群。中国地质大学科研团队发现的全新世大熊猫与现生大熊猫祖先的分离时间早于现生大熊猫的三个种群的形成时间,且与现生大熊猫的祖先种群存在基因交流,该灭绝谱系的部分基因还幸存于现生大熊猫基因库中。


盛桂莲介绍,远古时期大熊猫的栖息地广泛,中国从南到北都有分布,越南、老挝等国家也有大熊猫,而现在的野生大熊猫只存在于秦岭的山区里面。古DNA能解析栖息地大量缩减对大熊猫遗传多样性产生了怎样的影响。


“物种的遗传多样性是影响其演化存亡的一个关键因素。以古至今,对古生物基因组的研究可为生物多样性保护提供很好的证据。”盛桂莲举例说,在云南发现的古代大熊猫,其基因已经渗透到了现生大熊猫的基因中。研究其渗透入哪个种群最多,在保护大熊猫种群的过程中就可以有所侧重。这一过程非常重要,如果不进行研究,就没有办法科学地进行生物多样性保护,从而导致这一物种的基因成分越来越单一。


盛桂莲介绍,地球上很多的生物资源,其潜在的价值目前还没有探明,只有把野生动植物资源很好地保护下来,未来才有可能发挥它的价值。比如一些疾病的治疗,其药物最开始就来自于一些动植物资源,如果还没探明就灭绝了,将非常可惜。另外,人与动植物共同生存于这个地球,只有进行生物多样性保护,才能实现人与自然的和谐共处。(原标题:地大学者意外从斑鬣狗化石中发现古老虎DNA)


相关报道:中国地大(武汉)研究团队破解世界首例古代老虎基因之谜


(神秘的地球uux.cn报道)据中国教育报-中国教育新闻网(记者 程墨 通讯员 陈华文):近日,中国地质大学(武汉)教授赖旭龙领导的古DNA团队与吉林大学、丹麦哥本哈根大学合作完成的“古基因组研究发现中国北方一支已灭绝且深度分化的老虎支系”研究成果,在学术期刊《英国皇家学会会刊B辑:生物科学》上发表。这是世界首例古虎基因组研究成果。


2003年,吉林大学考古团队在吉林省通化市大安镇的一处溶洞中,发掘出大量古生物化石,并将其中部分斑鬣狗化石提供给中国地质大学(武汉)古DNA研究团队开展合作研究。通过对化石中残存DNA的分析鉴定,研究人员意外发现其中一块残破的下颌骨(标本编号:CADG482)并非斑鬣狗,而是属于老虎(以下简称“大安虎”),其年代已经超过了43500年。


在生物学分类上,老虎属于猫科、豹属、虎种,是大型猫科动物中的“明星”,其演化历史、生存状态均受到社会和学界的广泛关注。当前的老虎主要包括六个地理亚种:西伯利亚虎(东北虎)、华南虎、印支虎、孟加拉虎(印度虎)、马来虎、苏门答腊虎。已有研究认为,它们均分化自一个距今约11万年的祖先种群。


为探究大安虎与现生老虎各地理亚种的亲缘关系,研究人员加大了对大安虎下颌骨化石的古DNA提取及二代测序文库构建等工作,从24个测序文库中,组装得到大安虎近完整的线粒体基因组及部分核基因组信息。基于大安虎和所有现生老虎遗传成分对比分析及系统发育树构建,发现大安虎不同于任何现生老虎,属于此前未知且现已灭绝的遗传支系,它所代表的遗传支系与现生老虎的祖先,在约26万年前就已分道扬镳。与现生老虎的祖先随后在各地辐射分化形成不同地理亚种不同,大安虎代表的遗传支系,随后走上了绝灭之路。


对于现生老虎的研究,只能揭示它们直系祖先的演化历史。大安虎基因组的测定和解析,表明在老虎的演化历程中,有部分遗传支系丢失了,所有现代老虎只是其中一个支系的后代。迄今为止,最古老的老虎化石发现于我国甘肃距今超过200万年的早更新世,其它中、晚更新世的虎化石也遍及东亚。研究人员表示:“在得到古DNA数据之前,消失的老虎支系的遗传信息,一直被尘封在破碎的、易被误读的化石中,古基因组研究使得绝灭的老虎支系重见天日,为系统全面地探究老虎的演化历史提供了必要的、不可替代的分子依据。”

解析一代奸雄曹操家族DNA:古墓牙齿竟解开一代奸雄曹操身世

由于家族基因间没有关系,“是丞相后人”这一说法有误;而现有的夏基因与基因也不一致,因此曹操从抱养的说法也不准确。 11日,复旦大学历史学和人类学联合课题组发布了关于曹操家族DNA研究的最新成果。 专家表示,通过现代基因反推和古DNA检测的双重验证,认为曹操家族DNA的Y染色体SNP突变类型为O2*-M268。网络配图 该课题组由复旦大学历史系教授、中国魏晋史学会副会长和复旦大学现代人类学教育部重点实验室李辉教授领衔。 相关论文发表在国际学术杂志《人类遗传学报》上。 有基因学家表示,此前引发强烈争议的河南安阳真伪,可以借助曹操后人的现代DNA来进行验证。 2009年12月27日,河南省文物局公布,河南省安阳市安丰乡西高穴村南,最终得到确认就是曹操墓。 之后,国家文物局认定河南安阳大墓墓主为曹操,但民间质疑墓穴造假之声一直未绝。 中科院北京基因组研究所副所长于军表示,古人化石如牙齿等虽然可能出现DNA破损等情况。 但还是可以通过其中一段DNA进行测序,如果要验证河南安阳发现的到底是不是曹操本人,理论上是可以与后人DNA反推出来的结果相比较得出结论。网络配图 2009年,河南安阳对外宣布发现曹操墓,消息一出即引发巨大轰动,并始终伴随真伪争议。同年,复旦大学人类遗传实验室开始展开大规模项目,试图通过曹操后人DNA来反推曹操身世。 征集血样“滴血认亲” 据国内媒体消息,课题组表示,2009年至今,上述课题组的专家一直在全国各地采集曹操后人(男性)的静脉血样本。 采集对象包括79个家族的280名男性和446个夏侯、操等姓氏在内的男性志愿者,最终的样本总量超过1000例。 与此同时,课题组专家对全国各地258个曹谱(其中118个在上海图书馆)做了全面的梳理研究,并与史书和地方志参照,试图找到迁徙的可能线索。 “比如曹氏各个分支的祖先以及现居住地与历载上曹操后代的流向能不能相吻合。”经过这一步骤的研究,课题组筛选出8支持有家谱、经过史料分析具有一定可信性的曹氏族群。 找到这8支曹氏族群后,专家再对他们的DNA进行了检测。“人类DNA共有30亿个碱基对组合成23对染色体和线粒体,男性独有的、碱基对也比较稳定的Y染色体是最合适的检测对象。” 李辉说,“经过复杂的Y染色体DNA全序列检测,最终发现其中6个家族属于O2*-M268的基因类型,这6支O2*-M268类型样本的祖先交汇点在1800年至2000年前,这正是曹操生活的年代。” 李辉认为,这些家族共同检出了一个非常罕见的染色体类型,这个比例在全国人口只占到5%左右。 “假定他们都是仿冒的,那么巧合概率就等于这个基因型所占人口比例的乘积,也就是5%的5次方。所以说,他们假冒的可能性只有千万分之三。因此在法医学上可以认定,他们是真实的曹操后代。” 2011年12月28日,课题组宣布已定位曹操家族DNA,并找到最有可能是曹操后代的6支族群,立刻引发了强烈反响。当时,李辉估算该类型属于曹操的可能性是92.71%。 尽管根据现代曹人的基因,复旦大学课题组成功反推出曹操家族DNA,但研究并未结束。 早在2011年初,李辉来到曹氏宗族墓所在地—安徽亳州。在当地文物主管部门的积极配合下,课题组专家在库房内找到两颗牙齿—均是在上世纪70年代从曹氏宗族墓“元宝坑一号墓”中出土。 结合曹氏宗族墓挖掘领队李灿和现场挖掘人的口述和“元宝坑一号墓”墓室内中央位置的墓砖铭文“河间明府”,最终确定两颗牙齿均来源于曹操叔祖父河间相曹鼎。 课题组带回一颗保存较好的牙齿回到复旦大学人类遗传学实验室开展古DNA测试。 2012年底,根据现代基因和古DNA的双重验证,课题组得出最终结论—100%确定曹操家族DNA。网络配图 家谱记载为曹操直系后代的现代8个独立家族中,有6个家族的Y染色体为少见的O2*-M268,显着性达到P=9105,证明曹操Y染色体是该类型。 而安徽亳州的曹操祖辈墓葬元宝坑1号墓的遗骨(系弟河间相曹鼎)也属于此类型,与现代曹操后人紧密关联。夏侯氏、曹参后人都不是该类型。故此,曹操之父来自家族内部过继,该家族并非曹参本族。 目前找到的曹操后人有9支(其中6支有家谱记载),分别来自安徽绩溪、安徽舒城、安徽亳州、江苏海门、广东徐闻、江苏盐城、山东乳山、辽宁东港、辽宁铁岭。 免责声明:以上内容源自网络,版权归原作者所有,如有侵犯您的原创版权请告知,我们将尽快删除相关内容。

事件真相:物种界十大活化石,鹦鹉螺5亿年前停止了进化

生物界十大活化石,鹦鹉螺5亿年前停止了进化 地球上的生物种类数之不尽,根据达尔文的进化论,物种是通过遗传、变异和自然选择,从低级到高级,从简单到复杂,种类由少到多地进化着、发展着。但是今天小编为大家介绍的,这几种生物有的已经几亿年没有进化过了。堪称生物界的“活化石”。1、鹦鹉螺:5亿年前停止了进化分布于热带印度洋——西太平洋珊瑚礁水域。鹦鹉螺已经在地球上经历了数亿年的演变,但外形、习性等变化很小,被称作海洋中的“活化石”,在研究生物进化和古生物学等方面有很高的价值。2、鲎:4.5亿年前停止了进化世界上有四种鲎:美洲鲎、蝎鲎、巨鲎与中华鲎(三棘鲎)。体长可达60厘米(包括尾长),体重3-5千克。体表覆盖有几丁质外骨骼,呈黑褐色。头胸部具发达的马蹄形背甲,通常也被称为马蹄蟹(Horseshoe Crabs)。体近似瓢形,分为头胸、腹和尾三部分。头胸甲宽广,呈半月形,腹面有6对附肢;腹甲较小,略呈六角形,两侧有若干锐棘,下面有6对片状游泳肢,在后5对上面各有一对鳃,用来进行呼吸;尾呈剑状。体为棕褐色。平时钻入海沙内生活,退潮时在沙滩上缓缓步行,雌雄成体常在一起。3、腔棘鱼:4.1亿年前停止了进化腔棘鱼coelacanth,腔棘目(Crossopterygii)一些叶鳍硬骨鱼类的统称。近缘但已绝灭的扇鳍鱼亚目(Rhipidistia)的种类被认为是陆生脊椎动物的祖先。在某些分类系统中,腔棘鱼和扇鳍鱼均被认为隶属总鳍亚纲(Crossopterygii)内之不同目。腔棘鱼最早出现于3.77亿年前衍化形成,当时在地球上极其丰富。腔棘鱼(Coelacanthus)化石发现于二叠纪末期(2.95亿年前)到白垩纪早期(1.44亿年前)。4、螳螂虾:4亿年前停止了进化英文名为Mantis Shrimp(螳螂虾),属于节肢动物门,甲壳动物亚门,软甲纲,掠虾亚纲,口足目(这个亚纲下面就一个目)。其中除全为化石种类的古虾蛄科(Sculdidae)外,现生种分7个总科。5、天鹅绒虫:3.6亿年前停止了进化天鹅绒虫(Velvet Worm)这些虫状动物演化于三亿年前,特征为足部成对且肥胖。其后裔生存于今日的非洲,亚洲,加勒比海区,以及南美,且为陆地生物。6、皱鳃鲨:3亿年前停止了进化皱鳃鲨(学名:Chlamydoselachus anguineus)又名拟鳗鲛,是鲨鱼中最原始的一种,无亚种分化,有“活化石”之称。身体两侧有六条鳃裂,鳃间隔延长而褶皱,且相互覆盖,所以命名为皱鳃鲨。7、鳄鱼:2.3亿年前停止了进化是迄今发现活着的最早和最原始的动物之一。出现于三叠纪至白垩纪的中生代(约两亿年前),性情凶猛的脊椎类爬行动物,它和恐龙是同时代的动物,属肉食性动物。公认鳄鱼的品种共23种。8、火星蚂蚁:1.2亿年前停止了进化Martialisheureka蚁被称为“火星蚂蚁”,是迄止发现的所有蚂蚁的最后一个共同祖先,一种地下觅食者(subterraneanforager)的直系后代,它们的这个祖先一直在地下生活,直至1.2亿年前开始进化,才开始了地面上的活动。9、鸭嘴兽:1.1亿年前停止了进化它是未完全进化的哺乳动物,种类极少,同属之中只有鸭嘴兽一种动物,也是最低等的哺乳动物之一;18世纪后期,乔治·肖收到鸭嘴兽标本,以为这种生物是恶作剧的产物,后于1799年命名。鸭嘴兽嘴和脚像鸭子,而身体和尾部像海狸。2500万年前就已出现,至今仍生活在澳大利亚。10、紫蛙:1亿年前停止了进化紫蛙又名西高止山鼻蛙(Purplefrog)自然界中堪称活化石的动物,迄今发现的紫蛙,是在2003年在西印度被发现。专家认为,紫蛙之所以迟迟没被人发现,是因为它们生活于地下,只会在雨季的时候现身两周,其它时间一直过着隐身的生活。
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